SMP Santo Yusup Tanjung Balai Karimun berdiri pada Januari 1968 dengan Kepala Sekolah JB Budiatmaka. SMP Santo Yusup yang pada awalnya adalah SMP Santu Yusuf, yang beralamat di Jalan Trikora No.1 Tanjung Balai Karimun dengan bangunan sekolah satu lokasi dengan Gereja St. Yoseph. Sejak Juli 1985, sekolah pindah ke alamat Jalan Bukit Sidomulyo II Tanjung Balai Karimun
